公司在注销的时候，也会遇到困难。
一、企业注销需要注意哪些税务问题?
1、存货问题
企业在注销时，如果账上还是货，也是需要缴纳增值税的。另外，即使账上没有货了，但是实际存在库存的，也需要视同销售缴纳增值税、企业所得税。
2、印花税
印花税的金额虽然不大，但是企业忽略的情况比较普遍。企业在注销以前，一定要自查一下，印花税的相关事项。
有的企业可能在营业期间，一直都没有缴纳过印花税。企业的这些“病”，都会在注销的时候显现出来!
3、个人所得税
在个税方面，要看一下企业是不是存在股东借款不还的情况。如果存在股东借款不还的情况，需要按照分红处理。同时需要为股东，代扣代缴个人所得税。
企业注销时，如何处理账上的实际存货?
企业在注销的时候，还有货存在，肯定是大概率事件。这个时候，企业肯定需要把这些货分给股东。
但是，企业不是直接给股东就可以了。《增值税暂行条例实施细则》里面明确规定，企业在把商品分给股东的情况，属于视同销售的情况。意思就是说，这个货虽然分给股东，也需要按照市场价格计算增值税。
二、账面大于库存怎么处理?
如果金额小还好说，如果金额大了，企业需要补交的税款也是一笔不小的费用。
之所以出现这样的情况，是因为企业存在一些未开票收入。所以这部分存货，不仅需要视同销售缴纳增值税，同样也需要缴纳企业所得税。如果情况严重，企业还需要缴纳罚款和滞纳金。
所以，企业在平时的时候，就需要按时核对一下相关账目。发现账实不符的时候，一定要及时处理，而不要把这些问题累积起来，到注销的时候，才去处理。
三、货物因自然灾害损坏了，怎么处理?
在大自然面前，我们也是很无能为力。企业的货物如果是被自然灾害损坏的，是可以按照意外损失处理的。
如果企业当时未处理，现在就需要提供相关资料了。如果企业没有证据可以证明，那么企业就需要把进项税额进行转出处理了。